- Giai đoạn từ khi thành lập đến 18/01/2022: Ban Quản lý Dự án SME Trà Vinh phối hợp với Trường Đại học Trà Vinh quản lý, vận hành. Trong đó, từ 22/12/2020 đến 22/12/2021, Ban Quản lý Dự án SME Trà Vinh thuê Công ty TNHH Xlabs vận hành Vườn ươm (do tình hình dịch Covid 19 ảnh hưởng đến việc tổ chức các hoạt động của Vườn ươm nên Ban Quản lý Dự án SME Trà Vinh đã gia hạn thời gian thực hiện hợp đồng đến 30/6/2022).
- Giai đoạn 19/01/2022 đến 16/11/2022: Ban Quản lý Dự án SME Trà Vinh bàn giao về cho Trung tâm Xúc tiến đầu tư và Hỗ trợ doanh nghiệp thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư tiếp nhận quản lý.
- Giai đoạn 17/11/2022 đến nay: Sở Kế hoạch và Đầu tư chuyển giao Vườn ươm cho Trường Đại học Trà Vinh quản lý và vận hành đến nay.
Thông qua các chương trình, hoạt động, Vườn ươm đã dần nâng cao vị thế của mình đối với đối tượng ươm tạo và đối tác. Đây là tiền đề để Vườn ươm thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình và tiến tới tự chủ nhóm 3 (tự bảo đảm một phần chi thường xuyên là đơn vị có mức tự bảo đảm kinh phí chi thường xuyên xác định theo phương án quy định tại Điều 10 Nghị định 60/2021/NĐ-CP từ 10% đến dưới 100%).